A Solanum stoloniferum eredetű burgonya Y vírus immunitás gén (Rysto) finomtérképezése és lokalizálása a tetraploid burgonya genomban = Fine mapping and localisation of potato virus Y immunity gene of Solanum stoloniferum (Rysto) in tetraploid potato genome

Jelen kutatás célja a Solanum stoloniferum vad burgonya fajból származó burgonya Y vírus extrém rezisztencia gén (Rysto) finomtérképezése és lokalizálása volt a tetraploid burgonya genomban. Munkánk során előállítottunk egy 1100 F1 egyedet tartalmazó térképező populációt, amely hasad az Rysto génre nézve. Minden egyes genotípust hagyományos rezisztencia tesztekkel fenotipizáltunk, majd két - az Rysto génhez kapcsolt - markerrel elvégeztük genotipizálásukat is. A populáció 1:1 hasadási arányt mutatott, tehát a gén szimplex állapotban van jelen a rezisztens szülő genomjában. A populációból 88 genotípust véletlenszerűen kiválasztva négy különböző technikával megkíséreltünk a génnel szorosan kapcsolt további markereket azonosítani. Kutatásaink során Intron- targeting technikával azonosítottunk egy új markert a burgonya kataláz génjében, amely kapcsolt a Rysto génnel. Mivel a kataláz gén helyzete ismert, így a marker lehetővé tette a Rysto gén helyzetének egyértelmű meghatározását is a burgonya XII. kromoszómájára. További újabb, a génnel szorosan kapcsolt markert nem tudtunk azonosítani, azonban a detektált polimorf szekvenciákból részleges kapcsoltsági térképet szerkesztettünk a térképező populáció két szülőpartnerében. A térkép a későbbiekben alkalmas lehet egyéb, a nemesítés szempontjából jelentős gének/tulajdonságok térképezésére is. | The aims of present research project were fine mapping and localisation of extreme resistance gene Rysto originating from Solanum stoloniferum in the tetraploid potato genome. In the research project a mapping population segregating for Rysto gene with 1100 F1 individuals was developed. The phenotype of each individual was determined with conventional serological methods, while their genotype was determined also based on the use of two markers linked to the Rysto gene. The results revealed 1:1 segregation ratio and indicates the presence of a single dominant resistance gene in simplex state in the genome of resistant parent. As a subset population 88 F1 individuals was randomly chosen from the mapping population and four different molecular techniques were applied to identify further markers linked to Rysto gene. During the project one new marker linked to the Rysto gene was identified in the catalase gene of potato by Intron targeting method. Because the chromosomal position of catalase gene is known, it allowed the exact localisation of Rysto gene on chromosome XII of potato. We could not detect additional new markers closely linked to the gene, however by the use of polymorphic sequences were constructed a partial linkage map in both parents of mapping population. In the future these maps could be used for the mapping of other genes/characters being important for breeding purposes

Access to Databases (Full Scale Pilot 7)

This report contains information gathered during the execution of E-ARK Pilot 7: SIP Access to Databases

Solanum stoloniferum alapú burgonya Y vírus immunitás gén (RYsto) molekuláris genetikai vizsgálata = Molecular genetic investigation of Solanum stoloniferum

A burgonya Y vírus (PVY) világviszonylatban az egyik legveszélyesebb kórokozója a burgonyának. A termést erős fertőzés, és fogékony fajta esetén akár 100 %-kal is csökkentheti. Az ellene való legcélravezetőbb védekezési lehetőség a rezisztens fajták termesztése. Ennek megfelelően kutatási projektünk célja a keszthelyi fajtákra jellemző S. stoloniferum vad burgonyafaj eredetű Rysto Y vírus extrém rezisztencia gén molekuláris genetikai vizsgálata, ezen belül a génnel szorosan kapcsolt DNS markerek azonosítása, valamint az Rysto expressziójával kapcsolatba hozható cDNS-ek izolálása volt. A munka során a White Lady fajtán dolgozva, AFLP és RAPD technikákat alkalmazva, a vizsgált génhez négy szorosan kapcsolt, a szakirodalomban publikált egyéb Rysto markerektől különböző markert azonosítottunk. A markerek megbízhatóságát 3 populáción is leellenőriztük. Meghatároztuk a markerek szekvencia sorrendjét, melynek alapján egy marker a paradicsom 12-es, 3 marker pedig a burgonya 5-ös kromoszómáján lévő szekvenciákkal mutatott magas homológiát. A White Lady fajtából mesterséges PVY fertőzés után különböző időpontokban RNS-t izoláltunk, s elkezdtük first strand szintézist követően olyan cDNS klóntárak készítését, melyek a génizolálás későbbi kiindulási alapját jelenthetik. | The potato virus Y (PVY) is one of the most important potato pathogen worldwide. In case of severe infection and susceptible variety the yield reduction can reach 100 %. The most effective way of protection against PVY is the cultivation of resistant varieties. Accordingly the goal of our research project was the molecular study of Rysto extreme resistance gene originating from the wild potato species S. stoloniferum and being common in Keszthely?s bred potato varieties. Among this we focused on the identification of DNA markers tightly linked to the resistance gene as well as on the identification of cDNAs expressed as the effect of the expression of Rysto gene. During the study working on variety White Lady for markers tightly linked to the resistance gene was identified by the help of AFLP and RAPD techniques. These markers were proved to be different from all previously published Rysto markers. The reliability of the markers were proved on three different populations. Based on their sequencing data one of them showed high homology to a region of chromosome XII of tomato, while the other three to a region of chromosome V of potato. RNAs were isolated at different timing after artificial infection of White Lady with PVY. Later creation of cDNA libraries being useful as a starting point for a later gene isolation study was started after first strand synthesis

Preservation and access to records with geodata (Full Scale Pilot 5)

This report contains information gathered during the execution of E-ARK Pilot 5: Preservation and access to records with geodata

Ingest from government agencies (Full Scale Pilot 3)

This report contains information gathered during the execution of E-ARK Pilot 3: Ingest from government agencies

General pilot model and use case definition

This report describes the concepts and elements of the General Model of E-ARK pilot site activities